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袁崇焕耽心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已深深伏下了杀机。
毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。
毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。
这十二条罪状中，有几条平心而论并不能成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反，不过皇权专制时代，说这种话确是大逆不道；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有什么大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，却非有罪，要打败清兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以加他罪名。天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。
毛文龙真正的重大过失，是不受节制，在他所控制的军区中独立行事，不听上级指挥。在大战之时，大将独立自主，不奉命令，当然是违反军纪的重大事件。
毛文龙死后，部将心中不服，颇有逐渐叛去的，其中重要的叛将有孔有德（后降清封定南王，镇广西）、耿仲明（降清封靖南王，镇福建）、尚可喜（降清封平南王，镇广东）。这三人投降满清，为清朝出了很大力气，甚至把西洋火器带了过去。清初四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部。不过这也不能说是袁崇焕的过失。[95]
对于“杀毛事件”，当时舆论大都同情毛。一般朝臣认为，毛文龙即使有罪，他是一个大军区司令，也只能由皇帝下旨诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，是严重的侵犯了君权。
当时小说盛行，有人做了小说来称誉毛文龙。一部是四十回的《辽海丹忠录》，是杭州人陆云龙所作，大捧同乡毛帅。另一部是作者不署名的《铁冠图》（不是讲李自成事迹的那一部），以毛文龙为主角。
当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过份的批评了。
推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，首先是出于他刚强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟读孙子兵法，对于孙武杀吴王爱姬二人、因而使得宫中美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在军，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻。那时候宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成份。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中也难免有一些党派成见。
袁崇焕杀毛文龙一事，论者多认为大招崇祯之忌，是袁崇焕被杀的主要原因之一。到底袁杀毛一事，真是合理而必要，还是犯了错误？这在袁崇焕的一生，是一个重要问题。
第一：袁崇焕有没有杀毛之权？袁崇焕于崇祯元年受任为兵部尚书、兼右副都御史、督师蓟辽、兼督登莱天津军务。明朝兵部尚书相当于现代的国防部长兼总参谋长，有军令权，可指挥陆军、海军，御史略等于现代的政治委员，是皇帝的代表，在部队中监督统帅。“督师”是带兵的最高级文官，袁当时官职相当于国务院副总理、国防部长兼野战军总司令兼政委，又兼陆海军前敌总司令。毛文龙的皮岛军区归他管辖。临敌之时，麾下大将如果不听指挥，主帅将之斩首，中国历史上事所常有。例如诸葛亮斩马谡，临终时遗命斩魏延。尚方剑是“皇帝诛杀臣下之权力的象征”。袁崇焕受赐尚方剑，即是崇祯赐给他专杀之权，他用尚方剑杀毛文龙，是代表皇帝杀的。[96]
第二：毛文龙是否真的有罪？毛文龙先前抗清有功，在皮岛起了一些牵制作用，但他立功升官之后，自大起来，皮岛军区只二万多名官兵，他却要领十万名官兵的粮饷，不接受中央审核，并自行设立市场做生意，派官兵去邻国朝鲜挖人参，取貂皮。还收取海上过境税，强迫朝鲜缴纳粮米（侵犯中央的外交权）。后勤部建议皮岛的粮饷由宁远（袁的总司令部）转发，以资核实，毛坚不接受。宁远大战时，局势紧急，毛文龙部队在清军后方，却不出兵应援或配合牵制。中央要求皮岛饷银由宁远转发，毛文龙不肯，双方交涉得紧了，毛文龙威胁说：“我带兵南下，攻打登州、莱州，取南京犹如反掌。”登州、莱州是袁崇焕直辖的军区，南京是明朝的南都，明太祖的龙兴之地。中央无奈，只好暂不坚持。袁崇焕受任之前，曾与首辅大学士（约相当于宰相）钱龙锡商量，要杀毛文龙以确立军纪。钱龙锡不表反对，但劝他慎重。
第三：毛虽有罪，是否应杀？当时军纪废弛，兵士为了索取欠饷，常常哗变，杀害上官。军纪不肃，无法打仗。袁崇焕曾向崇祯夸口，要五年复辽。如无一支纪律如铁的精兵，怎能抗清复辽？要树立军纪，必须先整肃不守纪律、不服从命令的大将。毛文龙的军阶是总兵（还带都督衔，约略相当于军长、军区司令），和祖大寿、满桂等相同，统兵号称十万（实际约二万八千名）。当时袁崇焕所指挥的部队，全部约六万名，如将毛部近三万兵收过来统一指挥，对军务有极大好处。袁与毛在岛山见面，长谈三日三夜，毛始终不听指挥。袁劝他退休回去西湖享福。毛文龙夸称熟悉朝鲜情形，灭清之后可顺手取得朝鲜。在此情形下，不杀毛文龙无法抗清。打个比方，如果当年林彪统带第四野战军，在东北要独立自主，不服从中央命令，宣称打垮国民党部队后要乘机攻取南北朝鲜（事实上林彪没有这样做，也未宣称）。中共中央不杀林彪，这场仗就打不下去了。
第四：当时有人说，袁崇焕不应该当场杀了毛文龙，应将他逮捕，送到北京去请崇祯处理，或者先请皇帝批准而再杀他。当时大学者黄梨洲评论说：“文龙官至都督，挂平辽将军印，索饷岁百二十万缗（两），不应则跋扈，恐吓曰：‘臣当解剑归朝鲜矣。’则其内怀异志非一日也。”梨洲又云：“参貂之赂贵近者，使者相望于道……崇焕朝请，文龙夕知。”朝廷中的大官收受毛文龙贿赂甚多，袁崇焕一提出申请，毛文龙即刻知道，有了防备，极可能激得他起兵造反。如将他逮捕送去北京，他部下官兵很多是他义子义孙，有可能动武抢夺，引起内战。就像《三国演义》中写魏大将邓艾在蜀被朝廷下令擒入囚车，邓的部属武力抢夺囚车。